第三者証明は今まで多くの協定で使用されてきた証明方法。EPAを利用したいとき、まず日本商工会議所に申請、資料提出をして承認を受ける。その後、毎輸出のたびに商工会議所に原産地証明書発行依頼をする。EPA用原産地証明書を「特定原産地証明書」と呼び、協定ごとに略称も違う。
発行手数料は以下の通り。加算額はinvoice 1明細につき500円（通算20回以降は50円）
申請の手間や手数料はかかるが、日本商工会議所がダブルチェックしてくれるので信頼性が高いと思われていた。
しかし、近年事後検認を行ってみると、不正確な申請が多いことが判明。
日本商工会議所はチェック体制を厳格化してきている。
合わせてEPA協定自体もは第三者証明から自己証明へ基準が変わりつつある。
直近のTPP、日欧州EPAはすべて自己証明となる。
